فساد مواد غذایی ممکن است در اثر عوامل میکروبی و یا عوامل غیرمیکروبی صورت گیرد.
الف) فساد میکروبی مواد غذایی:
میکروبهای فاسد کننده غذا در همه جا وجود دارد. آب، خاک، هوا، پوست دام و پَر طیور و همچنین روده حیوانات مملو از میکروب می باشد. همچنین سطح دستگاهها و دست آلوده شخص که به ماده غذایی تماس دارد، دارای میکروب است که باعث فساد در مواد غذایی می شود.مهمترین میکروارگانسیم های آلوده کننده مواد غذایی :
ویروس ها، تک سلولی ها، مخمرها،قارچ ها، کپک ها و باکتری ها می باشند.
ب)فساد غیرمیکروبی مواد غذایی
غیر از میکروب ها عوامل محیطی ای وجود دارند که باعث فساد و ضایع شدن مواد غذایی می شوند که این عوامل شامل سه گروه: فیزیکی،شیمیایی و بیولوژکی هستند.
از جمله عوامل فیزیکی: ضربه خوردن، اکسیژن، حررات، نور، رطوبت را می شوند نام برد.
از جمله عوامل شیمیایی: سموم طبیعی، افزودنی ها، آفت کش ها، آنتی بیوتیک ها و هورمون ها، فلزات سنگین، بسته بندی پلاستیکی، می باشند
در نهایت از جمله عوامل بیولوژیکی فساد کننده مواد غذایی: آنزیم ها، اکسیداسیون، حشرات، انگل ها می باشند.